Название буквы Х в дореволюционной азбуке - ХЕР, сокращённо от ХЕРувим.
А херня это грыжа, от латыни Hernia, (страдать хернёй это банально страдать от грыжи), ну любили дореволюционные доктора называть болезни по латыни. И даже в первом издании Большой Медицинской Экциклопедии (1928-1936 гг) очень много терминов на латыни.